As bibliotecas nativas do Tomcat são interfaces JNI para aumentar o desempenho das aplicações que rodam no servidor Tomcat através de chamadas nativas. Quando você não tem essas libs no library path do java, o Tomcat exibe a seguinte informação no log: "INFO: The APR based Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in production environments was not found on the java.library.path".
O primeiro passo é instalar as bibliotecas do APR e do OpenSSL. Para isso, execute o seguinte comando no Ubuntu (ou similares Debian):