Para ler o arquivo MANIFEST.MF em tempo de execução que se localiza dentro de um JAR é só executar o seguinte código passando o caminho para a variável jarFile:
try (InputStream stream = new BufferedInputStream(new FileInputStream(
jarFile));
JarFile jar = new JarFile(stream)) {
Manifest mf = jar.getManifest();
Map<String, Attributes> entries = mf.getEntries();
// Realizar operações
}
No Map entries, você terá os atributos do arquivo MANIFEST.MF e no mf.getMainAttributes() você tem os atributos principais.
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