Para programar em C/C++ com o eclipse utilizamos o plugin CDT. A instalação dele é simples. Abra o Eclipse, vá em Help, Install New Software. Escolha no Combo "Work With" o update site de sua versão de eclipse e marque o checkbox Programming Languages, C/C++ Development Tools.
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Clique em Next, Next, concorde com os termos e clique em Finish. Reinicie caso solicitado. Ao selecionar, File, New, Other, você deverá ter a opção de criar um projeto C/C++.
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Agora é só se aventurar com C/C++.