Para programar em C/C++ com o eclipse utilizamos o plugin CDT. A instalação dele é simples. Abra o Eclipse, vá em Help, Install New Software. Escolha no Combo "Work With" o update site de sua versão de eclipse e marque o checkbox Programming Languages, C/C++ Development Tools.
Clique em Next, Next, concorde com os termos e clique em Finish. Reinicie caso solicitado. Ao selecionar, File, New, Other, você deverá ter a opção de criar um projeto C/C++.
Agora é só se aventurar com C/C++.