Para remover ASInstances de um domínio ou ASInstances remanescentes da remoção de um domínio de forma correta, basta executar o instalador do Oracle Identity Manager com a opção -deinstall:
./$MW_HOME/Oracle_IDM1/oui/bin/runInstaller -deinstall
Clique em Next na tela de Welcome e na próxima tela você poderá escolher as opções de remover o Oracle IDM, remover as ASInstances de um domínio existente ou remover as ASInstances que não possuem domínio.

Agora é só seguir o passo a passo e a remoção será bem sucedida.